A Duna a Dévényi kapun belépve Közép-Európa legnagyobb szárazföldi deltáját alakítja ki. Fő sodrásvonala a 17. sz.-ig változott és az akkori főág mellett alakult ki városunk.
Somorja alapításának időpontja nem ismert. Bél Mátyás és más neves történészek szerint a mai Somorja a hajdan Szűz Mária tiszteletére emelt templomról kapta nevét. A hagyomány szerint a település e körül a templom körül keletkezett. Ezt a települést az okiratok 1238-ban említik első ízben Villa Sancta Maria néven. Későbbi elnevezése Zenthmária volt (1287), később ezt háttérbe szorította a Samaria alak, amelyből valószínűleg a mai név is ered. Szent Mária szimbolikája gyakran jelenik meg Somorja jelképein: a város címerén, zászlóján, valamint az 1405-ből fennmaradt pecsétjén is az ő alakja látható.
A szájhagyomány szerint I. István király szabadalomlevéllel ajándékozta meg a települést. Somorját Zsigmond király 1405-ben szabad királyi városi rangra emelte, így a város mindazon jogokat megkapta, amelyekkel akkor Pozsony bírt. Az okiratok szerint Zsigmond 1411. október 15-én és 1425. március 6-án Somorján tartózkodott, és a városnak vámmentességi szabadalmat adott. A várost közel fél évszázad múlva meglátogatta Mátyás király is, aki 1466. november 9-én és 10-én járt Somorján.
Az a tény, hogy a város temploma a 13. században keletkezett, arra enged következtetni, hogy a plébánia iskolája már valószínűleg a 14. században létezett, bár létéről csak a 16. századból (1593) származó iratok tanúskodnak. A 14. sz. elejére Somorja a Csallóköz kereskedelmi központjává vált. A Somorján kialakult kézművesipar méltán teremtett alapot, hogy város a Felső-Csallóköz központja legyen és ipari termékekkel lássa el a környék mezőgazdasággal foglalkozó lakosságát. 1411 óta Somorja két országos hetivásár megtartására kapott engedélyt Zsigmond királytól (Orbán és Bertalan napjára).
Az első somorjai céhtársulást a szűcsök hozták létre 1555-ben. Később megalakult a szabók, a csizmadiák, a kalmárok, a molnárok, a bognárok, a fazekasok, a lakatosok, a szíjgyártók, az ötvösök, a takácsok, a szappankészítők, a késkészítők és a marhakereskedők céhje. Híres volt az 1800-as évek közepén alakult halászcéh, jellegzetes kör alakú sárgarézből készült címerével és Szent Péter alakját formázó pecsétjével.
Somorja ígéretes fejlődésének a 16. sz. második felében a török hódítás vetett véget. A város 1589-ben elvesztette szabad királyi város rangját és mezővárossá vált. A 17. sz.-tól azonban fokozatosan visszaszerezte központi szerepét és újra a Felső-Csallóköz gazdasági és kereskedelmi központjává vált.
Mivel a 17. század második felében Somorját jobbára német ajkúak és protestáns vallásúak lakták, a városi tanácsban (magisztrátus) meghatározó szavuk volt. Abban az időben az evangélikus és református vallás követői voltak többségben. Az evangélikus gyülekezet létét bizonyító első feljegyzés 1591-ből való. Egyházi forrásokból azt is tudjuk, hogy ennek a gyülekezetnek a városban már 1602-ben volt iskolája. Pálffy Pál gróf nádor parancsára a protestánsoknak 1652-ben minden ingatlanukat át kellett adniuk a katolikus egyháznak. Mindkét protestáns egyházat üldözték, gyülekezetüket megfosztották lelkipásztoruktól. A türelmi rendelet (II. József, 1781) kiadása után azonban a somorjai evangélikusok újraszerveződtek és az 1780-as évek közepén 814 helyi lakos felépítette az evangélikus templomot.
A hitbuzgó katolikus Pálffy-család, a város földesura és kegyura, amely a reformáció híveit szerette volna visszatéríteni a katolikus hitre, már 1652-ben a városi tanács tudtára adta, hogy kolostort (klastromot) építtet és letelepíti csallóközi birtokainak egyikén a Szent Ferenc-szerzetesrendet (paulánusokat). III. Károly uralkodó 1720. augusztus 21-én beleegyezett a paulánus szerzetesrend Magyarországra és így Somorjára való letelepedésébe, így a paulánusok 1778-ban megépítették kolostorukat és templomukat. Ez volt a paolai Szent Ferenc-rend egyetlen kolostora a Magyar Királyságban. A paulánus rend kolostorában működő iskolában az 1700-as évek második felében a tanítás nyelve a német volt.
Az 1848/49-es szabadságharc idején Somorján és környékén kisebb katonai ütközetekre került sor. Az 1849. május 12-én e környéken lezajlott csata tette híressé a hajdanában Somorja határában álló Pipagyújtó csárdát. A csárda épülete a harcok során elpusztult és hét magyar honvéd lelte itt halálát. Ma a hajdani csárda helye a csatában elesett szabadságharcosok sírkertje.
A 19. sz. vége egy fejlődő, polgáriasodó város képét mutatja. Ez a fejlődés elsősorban oktatási és kulturális intézmények létrejöttében nyilvánult meg. 1872-ben megalakult az államilag támogatott polgári iskola. Az első kulturális intézmény Somorján, a Casino szintén ebben az időszakban, az 1800-as évek utolsó évtizedében létesült. Százharminc éves múltra tekint vissza a ma is működő Somorjai Önkéntes Tűzoltó Testület és annak fúvószenekara (1873).
Az első világháború utolsó éveiben, majd ezt követően rövid ideig a városban orosz és olasz hadifogolytábor volt. Ennek egyik megmaradt emléke a Pomléi úti hársfasor, amelyet a hadifoglyok ültettek. A somorjai temetőben 2 síremlék őrzi a hadifoglyok emlékét. Ezek egyike az orosz áldozatok emlékére állított kereszt, a másik pedig az 1992 olasz hadifogoly emlékére emelt központi emlékhely 1918-ból.
A második világháború tragikusabb következményekkel járt Somorja lakossága számára. Az itt élő zsidó hitközség a deportálások előtt (1944-ben) mintegy 70-80 családot, vagyis kb. 350 lelket számlált. Ez a hitközség a közeli tejfalusi hitközségből vált ki. Somorja városában az izraeliták viszonylag későn telepedtek le, mert csak az 1800-as évek végén engedélyezték letelepedésüket. Többnyire kereskedelemmel foglalkoztak, emellett azonban számos iparos, tanító, orvos és jogász került ki soraikból. Hitközségük az 1900-as évek első évtizedében élte virágkorát: volt rabbijuk, kántoruk, iskolájuk, tanítójuk.
Somorja fejlődését a világháborúk sem törték meg. Khín Antal vezetésével 1929-ben megnyílt a Csallóközi Múzeum, majd a harmincas évek elején megalakult a Somorjai Dalegylet vagy Dalárda. A két háború között (1918-1940) eredményes népművelési tevékenységet fejtett ki az önszerveződés formájában létrejött Csallóközi Múzeum, az egyleti formában működő Színjátszó Gárda, a Gazdalegények Köre, valamint a különböző pártok és történelmi egyházak mellett működő egyletek. Az 1920-1930-as években a városban két hetilap jelent meg: a Felső-Csallóköz, valamint az 1991-től újra megjelenő Somorja és Vidéke.
Somorja adminisztratív jelentőségét hangsúlyozza az a tény, hogy a város 1960-ig járási székhely volt. Ezt a szerepét elvesztve ma közigazgatásilag a Dunaszerdahelyi körzethez és a Nagyszombat Megyéhez tartozik. Lakosainak száma meghaladja a 12 ezret. A városban jelenleg közel 50 nonprofit szervezet és 265 cég működik, amelyek egy, Somorja további fejlődését elsősegítő partnerség kialakítására törekednek.
A város neves szülöttei
- Kunszt Károly, ornitológus (1859-1938). Rangos gyűjteménye ma a Magyar Nemzeti Múzeum tulajdona.
- Németh-Šamorínszky István, zeneszerző (1896-1975)
- Tallós-Prohászka István, festőművész (1886-1974)
- Csiba Lajos, ornitológus (1901-1966). Ornitológiai gyűjteményét a budapesti Madártani Intézetnek ajándékozta.
- Khín Antal, tanár, néprajzkutató és történész (1884-1973). Számos tanulmányt írt szerzője a halászcéhekről és a csallóközi halászatról.
- Somorjai Kiss Tibor (*1959), Munkácsy-díjas grafikusművész
